尾崎 遼
グリアブラストによる機能未知グリア細胞の機能予測
研究内容
１細胞RNAシーケンシングや空間トランスクリプトームの普及により、正常および疾患の脳や神経組織において新規なグリア細胞亜集団が次々と報告されている。一方で、新規な細胞亜集団が見つかっても、それらがどのような機能を持っているかはわからない。細胞機能解明には（１）文献をまたいで細胞亜集団の比較ができない、（２）どんな細胞なのかがわからない、（３）どこにいるかわからない、といった問題が立ちはだかる。
これらの問題を解決するために、遺伝子機能予測のためにウェブブラウザで配列相同性が簡単にできるBLASTに着想を得て、１細胞RNA-seqで発見された機能未知グリア細胞の機能を予測するウェブツール「グリアブラスト（Glia BLAST）」を開発する。類似細胞を文献をまたいで検索するとともに、どんな細胞か（細胞研究・細胞間関係）の予測情報を紐付け、また、細胞の空間位置についての情報を紐付ける。さらに、特定の細胞亜集団を可視化・操作するための特異的発現プロモーター配列の情報も提供し、実験検証を支援する。これにより、新規グリアの細胞機能の解明を強力に推進する基盤を提供する。
研究概略図
代表業績
１） Tetsutaro Hayashi†, Haruka Ozaki†, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno, Itoshi Nikaido. Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs. Nature Communications, 9, 1, 619 (2018)
２） Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, Itoshi Nikaido. An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data. NAR Genomics and Bioinformatics, 2, 1, lqz020 (2019)
３） Haruka Ozaki*, Tetsutaro Hayashi, Umeda Mana, Itoshi Nikaido. Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets. BMC Genomics, 21, 1, 177 (2020)
４） Fumi Minoshima†, Haruka Ozaki†, Haruki Odaka†, Hiroaki Tateno. Integrated analysis of glycan and RNA in single cells. iScience, 24, 8, 102882 (2021)
5） Takaho Tsuchiya, Hiroki Hori, Haruka Ozaki*. CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells. Bioinformatics, btac599 (2022)